PDBx/mmCIF関連ソフトウェアのダウンロード

ライブラリ・ツール

名称	言語	開発元	備考
py-mmcif	Python	RCSB PDB	CIFPARSE-OBJの後継となる、PythonベースのmmCIFコアアクセスライブラリ。
CCP4 MMDB	C++/gcc	CCP4	MMDBは高分子座標ファイルを扱う開発者を支援するためのツールで、REFMACやCOOTなどを含むCCP4 suiteの一部として配布されている。 PDBフォーマットおよびmmCIFフォーマットの両方を読み書きでき、どちらのフォーマットであるかを意識することなく統一的に座標データファイルを扱うことができる。MMDBのダウンロードはLaunchPadなどから。詳細な使用方法を記した文書があるのかどうかは不明。
GEMMI	C++11, Python, Fortran	Global Phasing Ltd.	C++11を使い、さらにPythonとFortranを結合させた高分子ライブラリ。
atomium	Python	Sam Ireland	PDB、MMTF、mmCIFのフォーマットを読むPythonパッケージ。
CCIF	C++、FORTRAN77	CCP4	mmCIFファイルを取り扱うための、C++やFORTRAN77用のライブラリ。
iotbx.cif、ucif	C++、Python	cctbx	Phenixで使われているライブラリで、mmCIFファイルをの読み取り・出力の機能を提供する他、辞書によるファイル検証もできる。iotbx.cif はPython用、ucif は C++ 用。cctbx（Computational Crystallography Toolbox）の一部。
CIFPARSE-OBJ	C++	RCSB PDB	mmCIFファイルを読み書きするための関数群を提供する C++ ライブラリ。チュートリアルや使用例も提供されている。
CIFPARSE-OBJ Python Wrapper	Python	RCSB PDB	CIFPARSE-OBJをPythonで使えるようにするためのラッパー。
Python PDBx	Python	RCSB PDB	mmCIFファイルや辞書を読み書きするための関数群を提供する軽量なPythonライブラリ。チュートリアルや使用例も提供されている。
PDBeCIF	Python	PDBe	mmCIFファイルを扱うためのPythonパッケージ。チュートリアルや使用例も提供されている。
readcif	C++	UCSF RBVI	C++で書かれた、高速なCIF/mmCIFパーサー。
CBFLib	ANSI-C	Bernstein + Sons	CBFファイル（Crystallographic Binary File）やimgCIFファイル（画像も扱える CIF file）が処理できるANSI-C用関数ライブラリ。
mmLIB	Python	Ethan Merritt and Jay Painter	mmCIF、PDBフォーマットファイルの読み書きを行う機能および、分子ビュアーを提供するPythonベースのツールキット。
BioJava mmCIF package	Java	（オープンソース）	mmCIF、PDBフォーマットファイルを読み込み、分子画像を表示したり、配列アライメントを行ったりする機能を提供するJavaパッケージ。チュートリアルはこちら。
BioPython	Python	オープンバイオインフォマティクス財団（OBF）	計算生物学のためのPython用ツールキットで、mmCIFも扱うことができます。
PyCifRW	Python	jamesrhester	Pythonを使って mmCIF ファイルを読み書きできるようにするためのライブラリ。説明・ドキュメントはIUCRサイトにもある。
StarTools Tokenizer	Java	Global Phasing Ltd.	mmCIFを含むSTARフォーマットの内容解析を支援するためのライブラリ。Javaにより実装されているが、C/C++、Python、Perlでも容易に利用できるとのこと。
Perl STAR (mmCIF) Parser	Perl	Wolfgang Bluhm	mmCIFデータを読み書きするためのオブジェクト指向Perlモジュール。
XML2PDB	C++	Dunbrack Lab	PDBMLファイルを読み込んでPDBフォーマットやFASTA形式の配列情報を出力するコマンドラインツール。対応OSはWindowsおよびLinux。
PDB_EXTRACT	C、C++	RCSB PDB	構造決定アプリケーションから構造登録用mmCIFデータを抽出するツール。Linux系環境で動作？
MAXIT	C++	RCSB PDB	高分子構造データの処理や説明追加を行うアプリケーション。フォーマット変換機能あり。対応プラットフォームはUnix。
SF-CONVERT		RCSB PDB	構造因子データをmmCIF形式などに変換し登録を支援するための変換ツール。
mmCIF Dictionary Suite		RCSB PDB	PDBで用いられている、データの解析、検証、データ辞書の管理を行うツール。XMLスキーマをHTML形式に変換したり、関係データベースに読み込む時に役立つマップ情報を生成したり、CIFの方言？相互間の変換を行ったりすることができるとのこと。
DBLoader		RCSB PDB	mmCIFデータを関係データベースとXMLにロードするためのアプリケーション。
PDBML2CIF	C	RCSB PDB	PDBMLフォーマットをmmCIFフォーマットに変換するC言語用ライブラリ。
pdb2cif	perl、awk	Bernstein + Sons	PDB→mmCIFの変換はできたが、生成物をjVで認識できなかった。ダウンロードは開発元サイトから。説明はIUCrサイトの方が詳しいが、こちらで提供されているものは多少バージョンが古い。
cif2pdb	perl、awk	Bernstein + Sons	ダウンロードは開発元サイトから。説明はIUCrサイトの方が詳しいが、こちらで提供されているものは多少バージョンが古い。
LibMyPresto（日本語・English	C、Fortran（77、90）	（備考参照）	「生体高分子立体構造情報解析」および「創薬加速に向けたタンパク質構造解析基盤技術開発」プロジェクト（経済産業省・NEDOからの委託事業）で開発された myPresto の一環で開発された、PDBx/mmCIFとPDBファイルとを読み書きするライブラリ。
CIF Parsers	Python、JavaScript	PDBj	mmCIFファイルを読み込み、mmJSON形式で出力するツール。
CIF Editor	-	PDBj	要素間の整合性を保ちつつmmCIFファイルを編集できるオンラインエディタ。
molstar/ciftools	-
ciftools-java	Java	RCSB PDB	mmCIFファイルを読み書きする機能を提供するツール。

PDBx/mmCIFに対応している可視化ツール

名称	言語	開発元	備考
PyMOL	Python	オープンソース、Schrödinger	オープンソースを基本としたユーザ参加型の分子可視化ソフト。
Jmol	Java、JavaScript	（オープンソース）	スタンドアロンソフトとしてもappletとしても使用可能な分子可視化ソフト。JavaScriptに移植したJSmolも同梱されている。
UCSF ChimeraX		UCSF RBVI	UCSF Chimeraの後継ソフト。mmCIFの読み込みおよび書き込みに対応している。
UCSF Chimera	Python	UCSF RBVI	拡張性のある分子モデリングツール。mmCIFの読み込みに対応。開発を支援するNIHの資金が2018年に終了しており、現在は重大な更新を除き活発な開発は行われていない。後継の開発はUCSF ChimeraXで行われている。
OpenRasMol		（オープンソース）	RasMolのオープンソース版で、mmCIFの読み込みに対応。
Coot		Paul Emsley	結晶学用オブジェクト指向ツール。
CCP4mg			CCP4分子グラフィックパッケージ。
jV	Java	PDBj	スタンドアロンソフトとしてもappletとしても使用可能な分子可視化ソフト。分子表面形状などのオブジェクト表示、複数appletでのアクション同期が可能。
Molmil	Python, JavaScript, WebGL	PDBj	ウェブブラウザ上で動作する分子可視化ソフト。
Mol*		オープンソース	ウェブブラウザ上で動作する分子可視化ソフト。
NGLViewer		Alexander Rose	ウェブブラウザ上で動作する分子可視化ソフト。