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221
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/home/web/mmcif/converter/index.php on line
251
Warning: include(): Failed opening '../common/set_rootpath.php' for inclusion (include_path='.:/usr/share/pear:/usr/share/php:/usr/share/pear:/usr/share/php') in
/home/web/mmcif/converter/index.php on line
251
PDBフォーマット - PDBx/mmCIF 変換サービス
アップロードした分子構造データファイルを別の書式に変換します。
アップロードしたファイルのタイプは自動的に判定されます。
mmCIFファイルの場合はPDBファイルに、PDBファイルの場合はmmCIFファイルに変換されます。
gzip圧縮されたファイル(ファイル名の末尾が「.gz」であるファイル)でも扱うことができます。この場合、変換後のファイルもgzip圧縮されたものになります。
- 1. 変換元ファイルの指定
-
巨大構造のmmCIFファイルをPDB形式に変換する場合、以下のように取り扱います。
- 10万個以上の原子を含む場合、10万以上のatomidは全て99999に変換します。
- 2文字の鎖ID(auth_asym_id)を含む場合、未使用のATOM行21桁目と既定の22桁目を使ってそのまま表記します。
高分子構造のフォーマット変換にはRCSB PDBのMAXITを使っています。このプログラムをローカルにインストールすればローカルでフォーマット変換を行うことができます。
一部の非圧縮ファイルでアップロードできないという問題が確認されおり、現在調査を行っています。このような問題が発生した場合、gzip圧縮をかけてアップロードしてみてください。