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PDBx/mmCIF関連ソフトウェアのダウンロード

ライブラリ・ツール

名称 言語 開発元 備考
CCP4 MMDB C++/gcc CCP4 MMDBは高分子座標ファイルを扱う開発者を支援するためのツールで、REFMACやCOOTなどを含むCCP4 suiteの一部として配布されている。 PDBフォーマットおよびmmCIFフォーマットの両方を読み書きでき、どちらのフォーマットであるかを意識することなく統一的に座標データファイルを扱うことができる。MMDBのダウンロードはLaunchPadなどから。詳細な使用方法を記した文書があるのかどうかは不明。
CCIF C++、FORTRAN77 CCP4 mmCIFファイルを取り扱うための、C++やFORTRAN77用のライブラリ。
iotbx.cifucif C++、Python cctbx Phenixで使われているライブラリで、mmCIFファイルをの読み取り・出力の機能を提供する他、辞書によるファイル検証もできる。iotbx.cif はPython用、ucif は C++ 用。cctbx(Computational Crystallography Toolbox)の一部。
CIFPARSE-OBJ C++ RCSB PDB mmCIFファイルを読み書きするための関数群を提供する C++ ライブラリ。チュートリアルや使用例も提供されている。
CIFPARSE-OBJ Python Wrapper Python RCSB PDB CIFPARSE-OBJをPythonで使えるようにするためのラッパー。
Python PDBx Python RCSB PDB mmCIFファイルや辞書を読み書きするための関数群を提供する軽量なPythonライブラリ。チュートリアルや使用例も提供されている。
PDBeCIF Python PDBe mmCIFファイルを扱うためのPythonパッケージ。チュートリアルや使用例も提供されている。
CBFLib ANSI-C Bernstein + Sons CBFファイル(Crystallographic Binary File)やimgCIFファイル(画像も扱える CIF file)が処理できるANSI-C用関数ライブラリ。
mmLIB Python mmCIF、PDBフォーマットファイルの読み書きを行う機能および、分子ビュアーを提供するPythonベースのツールキット。
BioJava mmCIF package Java mmCIF、PDBフォーマットファイルを読み込み、分子画像を表示したり、配列アライメントを行ったりする機能を提供するJavaパッケージ。チュートリアルはこちら
BioPython Python 計算生物学のためのPython用ツールキットで、mmCIFも扱うことができます。
PyCifRW Python Pythonを使って mmCIF ファイルを読み書きできるようにするためのライブラリ。Pythonサイトにある最新版は3.6.2、SourceForgeにある最新版は3.3。説明・ドキュメントはIUCRサイトが良さそう。
StarTools Tokenizer Java mmCIFを含むSTARフォーマットの内容解析を支援するためのライブラリ。Javaにより実装されているが、C/C++、Python、Perlでも容易に利用できるとのこと。
Perl STAR (mmCIF) Parser Perl RCSB PDB mmCIFデータを読み書きするためのオブジェクト指向Perlモジュール。
XML2PDB C++ Dunbrack Lab PDBMLファイルを読み込んでPDBフォーマットやFASTA形式の配列情報を出力するコマンドラインツール。対応OSはWindowsおよびLinux。
PDB_EXTRACT C、C++ RCSB PDB 構造決定アプリケーションから構造登録用mmCIFデータを抽出するツール。Linux系環境で動作?
MAXIT C++ RCSB PDB 高分子構造データの処理や説明追加を行うアプリケーション。フォーマット変換機能あり。対応プラットフォームはUnix。
SF-CONVERT RCSB PDB 構造因子データをmmCIF形式などに変換し登録を支援するための変換ツール。
mmCIF Dictionary Suite RCSB PDB PDBで用いられている、データの解析、検証、データ辞書の管理を行うツール。XMLスキーマをHTML形式に変換したり、関係データベースに読み込む時に役立つマップ情報を生成したり、CIFの方言?相互間の変換を行ったりすることができるとのこと。
DBLoader RCSB PDB mmCIFデータを関係データベースとXMLにロードするためのアプリケーション。リンク先にはダウンロードリストのみで、最近更新されていない。しかも現在はリンク切れしていて使えない状態。
PDBML2CIF C RCSB PDB PDBMLフォーマットをmmCIFフォーマットに変換するC言語用ライブラリ。
pdb2cif perl、awk Bernstein + Sons PDB→mmCIFの変換はできたが、生成物をjVで認識できなかった。ダウンロードは開発元サイトから。説明はIUCrサイトの方が詳しいが、こちらで提供されているものは多少バージョンが古い。
LibMyPresto(日本語English C、Fortran(77、90) (備考参照) 「生体高分子立体構造情報解析」および「創薬加速に向けたタンパク質構造解析基盤技術開発」プロジェクト(経済産業省・NEDOからの委託事業)で開発されたmyPrestoの一環で開発された、PDBx/mmCIFとPDBファイルとを読み書きするライブラリ。

PDBx/mmCIFに対応している可視化ツール

名称 言語 開発元 備考
Jmol Java、JavaScript オープンソース スタンドアロンソフトとしてもappletとしても使用可能な分子閲覧ソフト。JavaScriptに移植したJSmolも同梱されている。
UCSF Chimera Python 拡張性のある分子モデリングツール。mmCIFの読み込みに対応。
OpenRasMol RasMolのオープンソース版で、mmCIFの読み込みに対応。
Coot 結晶学用オブジェクト指向ツール。
CCP4mg CCP4分子グラフィックパッケージ。
jV Java PDBj スタンドアロンソフトとしてもappletとしても使用可能な分子閲覧ソフト。分子表面形状などのオブジェクト表示、複数appletでのアクション同期が可能。